在1805年1月17日成立了帝国哈尔科夫大学，但是医学科自从1811年开始招收学生。第二次世界大战结束后，在1920年帝国哈尔科夫大学医学院与哈尔科夫医学会妇女医学研究所合并并改称为哈尔科夫州立医学院。1921年11月，该学院更名为哈尔科夫国立医学研究所。

　　在1943年12月，该研究所与乌克兰苏维埃社会主义人民卫生委员会哈尔科夫医学研究所合并为一体。自1951年以来该大学已成为世界各国培训医务人员的先驱之一。该大学已经为亚洲、非洲、拉丁美洲和中东的120个国家培训出7000多名医疗专家。

　　该大学的毕业生在世界各地的相关医疗机构工作。在1994年4月哈尔科夫国立医学研究所改称为哈尔科夫国立医科大学。2007年11月该大学获得了哈尔科夫国立医科大学的国家地位。

　　哈尔科夫国立医科大学在乌克兰是科学、知识和文化历史不可分割的一部分，是乌克兰历史上悠久的高等医疗教育机构之一，是联合国教科文组织注册的国际大学协会的成员之一。在培训医生方面拥有宝贵的经验，在乌克兰是医学教育的领导者。