在1724年，在日本设立汉学塾“怀德堂”，是文科的起源。在1838年由绪方洪庵设立兰学塾“适塾”，就是理科的起源。1880年该大学在在临时医院、临时医学校的基础上，正式设立“大阪府立大阪医院学校”。

　　在1886年该学校设立大阪工业学校，之后改称为大阪工业大学。

　　在1915年改称为大阪府立大阪医科大学，之后在1919年改称为大阪医科大学。

　　在1921年设立了打扮外国语学校（旧大阪外国语大学、现大阪大学外国语学部的前身）。

　　在1931年，大阪医科大学的医学部与理学部组成“大阪帝国大学”。在1933年收了大阪工业大学的工学部。在1947年正式确定更名为大阪大学。

　　经过多年该大学的发展，先后成立多所学部和研究所，还有校区等等。在2004年根据国立大学法人法的规定，改制“国立大学法人大阪大学”。根据2007年的数据，该大学的各专业本科招生人数超过东京大学，成为日本规模最大的国立大学法人。